Pengembangan Madrasah Model oleh Departemen Agama melalui proyek JSEP (Junior Secondary Education Project) pada tahun 1993 dan proyek DMAP (Development of Madrasah Aliyah Project) pada tahun 1998, dirasakan sebagai suatu hal yang sangat penting. Madrasah model diharapkan dapat menjadi pemicu dan serta pemercepat terjadinya perubahan – perubahan yang signifikan terhadap eksistensi, kualitas dan kinerja madrasah pada umumnya. Madrasah Model mempunyai karakteristik khusus yang tidak dimiliki oleh madrasah konvensional. Karakteristik tersebut adalah populis, islamis dan berkualitas, yang berfungsi sebagai madrasah inti, pusat sumber belajar dan pusat pemberdayaan masyarakat. Dalam perjalanannya kemudian, pengembangan Madrasah Aliyah Model melalui kesinambungan kerja proyek DMAP (Development of Madrasah Aliyah Project) pada tahun 1998 dengan SK Direktur Jendral Pembinaan Kelembagaan Agama Islam, Nomor E.IV/PP.0.66/KEP/17-A/98 tentang Madrasah Aliyah Model.
Berpedoman pada kata “model”, maka madrasah aliyah yang bermuara di Genggong ini akhirnya dibuka sebagai Madrasah Aliyah Model dengan nama lengkap Madrasah Aliyah Model Zainul Hasan tepat pada tahun 2003. Dengan program yang dirancang berbeda dengan madrasah Aliyah pada umumnya.
Pada tahun tersebut, Madrasah Aliyah Model Zainul Hasan memiliki Visi Terwujudnya Manusia Sholeh, Cerdas, dan Bermartabat Tinggi.
Program-program Keunggulan-keunggulan yang ditawarkan di Madrasah Aliyah Model Zainul Hasan saat itu adalah sebagai program bilingual scholl dan amaliyah tadris yaitu program pengabdian masyarakat oleh para santri di lingkup Pendidikan dan pondok-pondok pesantren wilayah probolinggo dan luar wilayah probolinggo. Dalam perjalanannya, meski merupakan madrasah yang baru mampu melahirkan lulusan yang bisa bersaing dan berprestasi di bidang akademik dan nonakademik. Para lulusan juga bisa diterima di perguruan tinggi favorit baik.
Pada tahun 2013, program-program yang diluncurkan Madrasah Aliyah Model semakin merambah ke Internasional. program-program unggulan dan target yang akan dicapai adalah sebagai berikut.
- Tim pengembang MA Model Zainul Hasan Genggong adalah praktisi pendidikan dari berbagai perguruan tinggi ternama dalam negeri diantaranya; UIN Maliki Malang (pengembangan bahasa), ITS Surabaya (pengembangan IT), UM, UNAIR, UB (Pengembangan sains dan sosial) dan Luar negeri Universitas Al-Azhar Kairo Mesir (pengembangan dirosah islamiyah/mu’adalah)
- Semua santri wajib berdomisili di pesantren untuk penguatan aqidah, ASWAJA (ahlus sunnah wal jama’ah) Bahasa Arab dan Bahasa Inggris serta pengembangan kitab salaf dan bekal sosial kemasyarakatan.
- Salah satu madrasah yang terakreditasi A oleh Badan Akreditasi Nasional Madrasah sehingga mendapat peluang yang sangat besar bagi santri-santri lulusannya diterima di Perguruan Tinggi Negri (PTAIN)/ Umum (PTUN) dan mendapatkan beasiswa baik dalam negeri maupun luar negeri. sebagai diantara upaya menuju visi tersebut, sehingga saat ini Madrasah Aliyah Model (MAM) Zainul Hasan Genggong selalu mengantarkan santri berprestasi akademik dan non akademik dalam tingkat regional, nasional maupun internasional.
- Mengacu pada kurikulum nasional, mu’adalah (mendapat pengakuan) dari Universitas Al-Azhar Mesir dan dalam upaya Cambridge University (London-Inggris) sehingga santri berprestasi berpeluang mendapatkan tiga ijazah dalam satu sertifikat, yakni:
- Ijazah Nasional
- Program Akselerasi dan
- Program Non Akselerasi
- Ijazah Muadalah
- Ijazah dari Cambridge University (pilihan)
- Sertifikat Keahlian Komputer dari ITS Surabaya
- Mendapat kepercayaan dari Kementerian Agama untuk menyelenggarakan program Akselerasi (percepatan belajar) bagi santri yang memiliki cerdas istimewa (CI) bakat istimewa (BI) dimana santri belajar di Madrasah Aliah hanya 2 tahun.
- Memberi Pelajaran Khusus pada santri-santrinya dengan menjalin kerjasama dengan beberapa Perguruan Tinggi baik dalam atau luar negeri serta institusi internasional.
- Tim tenaga pendidik yang profesional yang diambil dari lulusan terbaik perguruan tinggi negeri dalam dan luar negeri.
Dengan program-program unggulan dan target-target yang ingin dicapai tersebut, MA Model Zainul Hasan telah banyak mengantongi prestasi-prestasi akademik dan nonakademik hingga kancah internasional. Tidak hanya itu, para alumni MA Model Zainul Hasan banyak yang menjadi orang sukses dan dapat menginspirasi calon-calon alumni dan calon-calon santri baru yang akan lulus dan masuk ke MA Model Zainul Hasan.
pada tahun 2019, MA Model Zainul Hasan memperbarui Visi nya menjadi ”Terwujudnya Insan yang Bersatlogi Santri dan Prestasi”, diiringi oleh misi sebagai berikut.
- Mengamalkan Satlogi Santri
- Melaksanakan pembelajaran integratif, aktif, kreatif dan inovatif
- Melaksanakan pembinaan minat dan bakat secara intensif dalam kegiatan ekstrakurikuler dan program unggulan madrasah
Dengan visi dan misi tersebut pengembangan MA Model Zainul Hasan sebagai madrasah bilingual scholl melebarkan sayapnya dengan penguasaan dan kemampuan berbahasa selain Bahasa Arab dan Inggris juga diperkenalkan kepada siswa Bahasa Jepang, Mandarin, dan Perancis. Untuk mendukung bidang kepesantrenan sebagai madrasah yang notabene bernuansa madrasah dalam pembelajaran mata pelajaran agama selain buku-buku umum buku agama juga menggunakan refensi pemaknaan kitab kuning dalam pelajaran Fikih, Akidah Akhlaq, Alquran Hadis, dan Sejarah Kebudayaan Islam.
Saat ini, program unggulan yang dimiliki Madrasah Aliyah Model Zainul Hasan adalah sebagai berikut.
- Program tahfidzul quran
- Program mahir membaca kitab kuning
- Program bilingual school
- Program SKS (Sistem Kredit Semester)
- Program literasi dan riset
- Program entrepreneurship
- Program madrasah digital
Adapun program jurusan yang dimiliki oleh MA Model Zainul Hasan adalah sebagai berikut.
- Program jurusan MIPA
- Program jurusan IPS
- Program jurusan Ilmu Bahasa dan Budaya
- Program jurusan keagamaan
Kegiatan-kegiatan pendukung yaitu kegiatan ekstrakurikuler seperti bulu tangkis, pagar nusa, tahfidz, alfiah, tenis meja, volley ball, futsal, pidato Bahasa Arab, pidato Bahasa Inggris, design grafis, kaligrafi, dan bidang akademik yaitu OSN Matematika, Biologi, Fisika, Ekonomi, Sosiologi, Kimia, Geografi, dan Bahasa Inggris. Selain itu, ada organisasi Santri MA Model (OSMAM) dan multimedia bidang majalah, buletin, dan fotografi.
Kegiatan lainnya adalah adanya wisuda dalam bidang tahfidz, amtsilaty, dan wisuda literasi dan riset. Sistem pembelajaran juga menggunakan pembelajaran yang aktif, kreatif, dan inovatif. Selain itu, sistem digitalisasi madrasah dalam bidang administrasi, absensi santri dan guru, pelaksanaan assesmen santri berbasis digital serta perpustakaan.